Problém se nám snad podařilo vyřešit. Stalo se to pokud bylo aktivních více rozhraní - zkolidovalo tam nějaké výchozí nastavení, stejné pro více interfaců.
Oprava by měla vyjít v dalším release (nevím kdy to bude). Kdo by chtěl zkusit už teď, tak stačí nahradit konfigák suricaty:
curl https://gitlab.labs.nic.cz/turris/turris-os-packages/raw/21be0548a342ae70dcf4e115646a1cec9b2d774c/net/suricata-pakon/files/suricata.yaml > /etc/suricata-pakon/suricata.yaml
/etc/init.d/suricata-pakon restart